Моя супруга имеет ребёнка от прошлого брака... Бывший муж не биологический отец. Уехал жить в другой город. Как правильно...

Добрый день, Алексей!
Отцовство установлено на основании свидетельства о браке, усыновлении? 
Не биологический ребенок уехал жить в другой город, место регистрации менял? 
Согласно п.1 ст. 29 ГПК РФ: Иск к ответчику, место жительства которого неизвестно или который не имеет места жительства в Российской Федерации, может быть предъявлен в суд по месту нахождения его имущества или по его последнему известному месту жительства в Российской Федерации.
Согласно вами написанному - Вам известен адрес жительства ответчика.
Суд об установлении отцовства по месту жительства Истца возможен (п. 3 ст. 29 ГПК РФ). Но к оспариванию отцовства относятся общие правила подсудности, то есть иск подается по месту жительства (регистрации) Ответчика (ст. 28 ГПК РФ).
Если у биологического отца не сменено место регистрации, он также зарегистрирован в Пермском крае, то подавайте в районный суд вашей области.
Если он зарегистрирован в городе Самара - подавайте исковое туда. В судебных заседаниях можно участвовать с помощью систем видео-конференц связи.
Для конкретизации можете написать мне в чат на сайте или обратиться по телефону (вотсап), указанному в шапке профиля.